El Aula Universitaria del Estrecho, en sus órganos rectores, está compuesta por una Comisión Directora y una Comisión Ejecutiva. La presidencia de la Comisión Directora la ostentan el Ilmo. Sr. Alcalde de Algeciras y el Excmo. Rector Magnífico de la Universidad de Cádiz.

Es misión de esta comisión la planificación y aprobación de las actividades anuales del Aula, así como la aprobación del presupuesto destinado al mantenimiento del Aula y de sus actividades. La Comisión Directora del Aula Universitaria del Estrecho se reunirá al menos dos veces a lo largo del curso académico. Las reuniones se celebrarán en la sede oficial del Aula.

El Comité Ejecutivo tiene como misión la puesta en marcha, desarrollo y difusión de las actividades anuales aprobadas por la Comisión Directora, así como la elaboración y propuesta de la distribución de los presupuestos que deben así mismo ser aprobadas por la Comisión Directora.

Se encarga así mismo de disponer de los plazos para la presentación de propuestas de actividades. Estas propuestas deben ser aprobadas igualmente por la Comisión Directora, y en caso de aquellas actividades que la legislación así lo requiere, por las instancias competentes de la Universidad de Cádiz y del Excmo. Ayuntamiento de Algeciras, en las materias de su competencia.

El Comité Ejecutivo debe mantener informada a la Comisión Directora del desarrollo de las actividades del Aula en todos sus aspectos. Igualmente, este Comité trabaja en coordinación con las instancias propias de la Universidad de Cádiz y del Excmo. Ayuntamiento de Algeciras para aquellas actividades que requieren de la responsabilidad de estas, velando por la aplicación de la legislación y la normativa vigente que afecta a las diversas actividades. En el caso de los títulos propios, esta coordinación se lleva a cabo con el Vicerrectorado de Ordenación Académica de la Universidad de Cádiz, aplicándose la normativa legal vigente al respecto.