Convocatoria de Cooperación Interuniversitaria
Con el objetivo de estrechar la coordinación de la política de cooperación al desarrollo con la política científica y tecnológica , facilitando sinergias entre el Plan Director de la Cooperación Española 2005-2008 y el Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica 2004-2007, y con el fin de impulsar dicha coordinación, fomentando vínculos estables de investigación entre España y los países del Magreb; la Agencia Española de Cooperación Internacional lanza todos los años el Programa de Cooperación Interuniversitaria (PCI).
La Universidad de Cádiz ha venido incrementando su presencia año tras año en este programa con la presentación cada vez más numerosa de propuestas de investigación conjuntas principalmente con Marruecos, aunque también con Túnez..
El Aula Universitaria del Estrecho forma parte del éxito que este incremento constante supone, a través principalmente de tres mecanismos:

- Programa anual de actividades del Aula: gracias a los seminarios conjuntos que profesores de las Universidades de Cádiz y Abdelmalek Essaâdi desarrollan cada año dentro del programa del Aula Universitaria del Estrecho, se crean lazos y se consolidan relaciones que en muchas ocasiones pasan a formar parte de proyectos aprobados por la AECI. En los últimos años los Programas de Movilidad del Aula están suponiendo un soporte extra de gran valor al surgimiento de este tipo de proyectos conjuntos.
- Encuentros de Investigadores: de manera periódica el AUE organiza encuentros específicos de investigadores de ambas orillas del Estrecho. A través de ellos los investigadores participantes pueden exponer sus lineas de trabajo y encontrar socios transfronterizos para su desarrollo internacional.
- Financiación directa a proyectos concedidos: desde la Convocatoria 2006 el Aula Universitaria del Estrecho cofinancia cada uno de los proyectos concedidos por la AECI con 500,00 €. Esta aportación, aunque liberada en la fase de ejecución del proyecto y una vez que este ha sido aprobado, se compromete desde la fase de su presentación a la AECI, con objeto de hacer la propuesta más sólida e incrementar las posibilidades de evaluación favorable.